甘南州藏医药研究院的前身甘南州藏医药研究所，成立于1980年。下设行政办公室、基础理论研究所、临床研究所、药物研究所、附属藏医院和附属制药厂等机构，是甘肃省藏医药科研医疗、制剂研发、临床教学的中心基地。2001年经甘肃省机构编制委员会批准加挂“甘肃省藏医药研究院”的牌子，一套人马两块牌子。

甘肃省藏医药研究院、甘南藏族自治州藏医药研究院、甘南藏族自治州藏医医院成立于1980年，2013年通过二级甲等民族医医院评审，是甘南州城镇基本医疗保险和新型农牧村合作医疗定点单位。现医院占地面积16422.4平方米，其中业务用房面积17267.7平方米，编制病床150张，年门诊人次39000余人次，年住院总人数1900余人次。