甘南州藏医药研究院的前身甘南州藏医药研究所，成立于1980年。下设行政办公室、基础理论研究所、临床研究所、药物研究所、附属藏医院和附属制药厂等机构，是甘肃省藏医药科研医疗、制剂研发、临床教学的中心基地。2001年经甘肃省机构编制委员会批准加挂“甘肃省藏医药研究院”的牌子，一套人马两块牌子。

青海省藏医药研究院前身为青海省中藏医药研究所，始建于1979年,1983年独立设置为青海省藏医药研究所,2008年更名为青海省藏医药研究院，2017年升格为公益一类正县级事业单位，隶属青海省卫生健康委员会直接管理。