甘孜州藏医院成立于1984年，是集藏医医疗、教学、科研、制药为一体的全民所有制综合性民族医院，是全州藏医药业务技术指导中心、四川省藏医医院制剂中心、藏医药人才培训、实习基地和甘孜州医保定点医院。

阿坝藏医院创建于1942年3月，几经更名和移址，1958年定址于阿坝州州府所在地马尔康镇梭磨河畔，依山傍水，绿树成荫，环境幽静，占地面积2.56万平方米，建筑面积3.01万平方米。