西藏自治区藏医药研究院其前身为西藏自治区藏医院研究所和天文历算研究所，始建于1974年，至今已走过了三十多个春秋，发展初期主要从事单一的藏医药文献研究和天文历书的编辑工作。后来在认真贯彻执行国家科技部，自治区科技厅关于加大藏医药科研力度的政策指引及自治区党委、政府的高度重视和支持下，“十一五期间”国家投资修建了研究院综合大楼，自治区财政厅安排了设备购置专项经费，加强了软、硬件方面的建设，于2006年正式挂牌更名为“西藏自治区藏医药研究院”。

西藏藏医药大学藏医药研究所成立于1997年，由已故西藏藏医学院院长、藏医药学泰斗措如·次朗大师亲自兼任藏医药研究所第一任所长。目前，研究所下设综合信息科、藏医药研发中心、非物质文化遗产办公室及《藏医药教育与研究》编辑部四个科室及藏医药与高原生物重点实验室和藏药药理—SPF动物实验室共两个实验室。