甘肃中医学院藏医学院是省内唯一一所以藏医药学科为主，培养藏医药高等卫生技术人才的教育单位，1989年，经甘肃省教育厅批准在甘肃中医学院设立藏医系，由于藏医教育的特殊性，经当时甘南州政府与省教育厅、甘肃中医学院共同研究决定在甘南州卫生学校开办甘肃中医学院藏医系，2000年经教育部备案批准在甘肃中医学院设置藏医学专业五年制本科教育，2001年藏医系由专科升格为本科并扩大为藏医学院，属甘肃中医学院的一个二级学院。学院专业特色明显，教学科研实力较强。多年来，在甘肃中医学院党委的正确领导下，在全院各有关部门的大力支持下，在全体教职工的共同努力下，我院教学、科研及管理工作得到了长足的发展。到目前为止，藏医系与藏医学院已为社会培养、输送藏医专本科人才624人，他们分布在我省及四川、青海等周边藏区，全省所有藏医院中藏医学院毕业生占到95%以上，管理者也均为我院藏医学院的毕业生，为民族地区医药卫生事业的发展发挥着重要作用。

甘肃省藏医药研究院、甘南藏族自治州藏医药研究院、甘南藏族自治州藏医医院成立于1980年，2013年通过二级甲等民族医医院评审，是甘南州城镇基本医疗保险和新型农牧村合作医疗定点单位。现医院占地面积16422.4平方米，其中业务用房面积17267.7平方米，编制病床150张，年门诊人次39000余人次，年住院总人数1900余人次。