西藏自治区藏医药研究院其前身为西藏自治区藏医院研究所和天文历算研究所，始建于1974年，至今已走过了三十多个春秋，发展初期主要从事单一的藏医药文献研究和天文历书的编辑工作。后来在认真贯彻执行国家科技部，自治区科技厅关于加大藏医药科研力度的政策指引及自治区党委、政府的高度重视和支持下，“十一五期间”国家投资修建了研究院综合大楼，自治区财政厅安排了设备购置专项经费，加强了软、硬件方面的建设，于2006年正式挂牌更名为“西藏自治区藏医药研究院”。

西藏自治区藏医药研究院作为全区乃至全国藏医药事业的重要科研基地，机构设置及其科研方向涵盖了整个藏医药学及天文历算学领域，目前科研用仪器设备配备先进、齐全，拥有一支专职和兼职相结合的具有一定科研能力的研究队伍，其中高级9名、中级7名、初级14名，共计30名各学科科研带头人,并设立了科研处、藏药植化研究所、藏药药理毒理研究所、图书情报研究所、藏药生药研究所、藏医药文献研究所和天文历算研究所等六个所及“国医大师”学术思想研究室。主要负责搜集、整理、挽救、挖掘和保护藏医药古籍文献，对濒危藏药材的人工种植栽培与保护，并从事藏医药临床研究及新药开发研究，参与国家、地方重点科技攻关项目，从事天文历算研究等。另外研究院内设置有国家级和省级重点研究室两个，其中“藏药方药临床应用评价重点研究室”是研究评价藏药方药临床疗效和评估安全性的国家级重点研究室。

自治区藏医药研究院自成立以来在藏医药行业出版了《中国百科全书藏医分卷》、《中华本草藏药分卷》汉文版、《西藏天文历算大全（1—5册）》、《藏汉英古今藏医药文献目录》、《四部医典系列挂图全集详释蓝琉璃之光》、《甘露本草明镜》等具有较高学术价值的著作和工具书36本。根据藏医独特的理论和长期实践，编写了赤脚医生最常用的《新编藏医学》、《新编藏药配方》等新书。并对《秘诀补遗》、《甘露水滴》等十几部紧缺书籍进行了逐字逐句的抄写、油印从而挽救和收集了大批手抄本、孤本、珍藏本，目前藏医院文献书库内保存了1300卷古籍经书，发表论文150多篇、获得新药证书5项，获得新药临床研究批件2项，获得省级以上科研项目66项其中26项获得了国家和自治区级科技奖。2006年开始区科技厅把“藏药材质量标准化研究”列入“十一五”规划中，并组织区内相关的七家科研机构实施“藏药材质量标准化研究”项目，对200多种藏药材进行标准化研究，我院就承担了近70种，并正着手准备牵头另 “濒危藏药材桃儿七人工种植栽培研究与标准化基地建设项目”，得到了科技厅的充分肯定和经费上的大力支持。并取得了巨大科研成果。“濒危藏药材巴夏嘎人工种植栽培研究与标准化基地建设项目”也正在积极的建设和投入中，有望取得很好的实效。在海拔3000米以上饲养试验动物，并进行了积极的探索研究创新开展了藏药药理毒理学方面的研究工作，目前正在承担国家“十一五”科技支撑项目“五种藏成药”安全性评价研究。

藏医药研究院的成立开创了藏医药研究工作的新局面，并取得了很多可喜的成绩，众多科研成果推动了藏医药事业的发展，产生了巨大的经济效益和良好的社会效益，目前藏医药研究院正着手加强藏药质量标准研究、藏药新产品的开发、藏药材正本清源研究、药材资源研究及濒危藏药材原产地栽培基地的建立、藏药筛选研究、藏药安全性评价研究、藏医药和天文历算文献研究及藏医药文献数据库的建立等工作。目前本院正迅速提升科技创新能力，以自立自强求真创新发展为办院宗旨，并致力于成为国家藏医药行业的科技创新基地及产学研一体化的高新技术研究院。