西藏山南藏医医院成立于1982年，作为一个国家重点民族医医院，除承担着藏医医疗、预防、保健、康复、教学、科研、文化等职责外, 同时承担多个国家和自治区级非物质文化遗产项目保护单位职责。

医院设有藏医内外科、脑病科、骨病科、消化科、药浴保健等12个临床科室，其中拥有3个国家级重点专科（藏医脾胃、预防保徤、脑病〉，1个国家级临床重点专科（藏医脾胃）和1个国家级重点 学科（藏医内科学）